Finot bắt đầu sự nghiệp tại École Nationale des Chartes năm 1886. Sau đó ông nghiên cứu tiếng Phạn khi làm việc tại Thư viện Quốc gia Pháp.

Năm 1898, ông được bổ nhiệm làm giám đốc của Phái đoàn khảo cổ học ở Đông Dương, và năm 1900 đã lập ra Viện Viễn Đông Bác cổ. Ông cũng là giám đốc nghiên cứu tại École Pratique des Hautes Études và là giáo sư lịch sử và ngữ văn Đông Dương tại Collège de France từ năm 1920 đến 1930.

Khi làm giám đốc Viện Viễn Đông Bác cổ tại Hà Nội, ông đã mời các nhà khảo cổ như Henri Mansuy, Madeleine Colani, đến làm việc tại viện. Viện đã thực hiện nhiều khảo sát và khai quật ở Đông Dương. Những công trình này đã xác định ra các văn hóa cổ như văn hóa Hòa Bình, Bắc Sơn, Hạ Long,... còn lưu danh đến ngày nay.

Ông được bầu làm viện sĩ của Académie des Inscriptions et Belles-Lettres năm 1933.